La 19 septembrie 1995 a fost semnat Certificatul privind înregistrarea Întreprinderii de Stat „Registru”. Această dată a devenit ziua înfiinţării întreprinderii, care avea un rol important în dezvoltarea Sistemului Naţional de Paşapoarte, Registrului de Stat al Populaţiei şi informatizarea ţării în întregime. Din momentul înfiinţării, ÎS „Registru” a devenit centrul cercetărilor aplicative în sfera edificării societăţii informaţionale. Întreprinderea a avut o sarcină importantă – a implementa tehnologiile informaţionale în toate procesele tehnologice, ce ţin de identificarea persoanei, a produce noi documente în statul independent nou-înfiinţat şi a pune baza Registrului de Stat al Populaţiei. Dificultatea acestui proces consta în faptul că încă nimeni în statul tînăr întemeiat nu s-a ocupat de perfectarea documentelor de tip nou, nimeni din ţările CSI nu a elaborat un registru de stat al populaţiei.
Conducerea MAI din acea perioadă a luat o decizie foarte importantă – realizarea proiectului prin atragerea specialiştilor tineri şi talentaţi. Aceştia, deşi posedau puţine aptitudini practice, dar cunoştinţele şi entuziasmul au permis lansarea celui mai important proiect de stat.
Încă de la începutul procesului de lucru, devenise evident faptul că documentarea constituie doar o mică parte a acelei sarcini primordiale, care trebuie realizată şi care actualmente se realizează cu succes. Şi anume documentarea reprezintă baza pentru multitudinea de registre. Gestionarea registrelor de stat – al populaţiei, al unităţilor de drept, al transportului, al conducătorilor auto – este responsabilitatea atribuită ÎS „CRIS „Registru”. Este o activitatea imensă şi destul de dificilă, întrucît sunt integrate toate registrele. Însă această particularitate constituie o trăsătură distinctivă - uşurinţa utilizării acestor registre - ceea ce este înalt apreciat de către utilizator.
În 1995, ÎS „Centrul de evidenţă şi documentare a populaţiei „Registru” a intrat în componenţa Departamentului de evidenţă şi documentare a populaţiei pe lîngă Ministerul Afacerilor Interne al Republicii Moldova. În 2001, ÎS „Registru” a intrat în componenţa Departamentului Tehnologii Informaţionale al Republicii Moldova. În 2005, ÎS „Registru” a intrat în componenţa Ministerului Dezvoltării Informaţionale al Republicii Moldova. Iar din mai 2008, Întreprinderea de Stat „Registru” a obţinut statutul de Centru Resurselor Informaţionale de Stat „Registru”, pe lîngă Ministerul Dezvoltării Informaţionale. În septembrie 2009 denumirea Ministerului Dezvoltării Informaţionale a fost schimbată în Ministerul Tehnologiilor Informaţionale şi Comunicaţiilor
Scopul înfiinţării întreprinderii într-un nou statut constă în necesitatea structurării activităţii „Registru” pentru soluţionarea celei mai importante sarcini de stat – informatizarea ţării şi edificarea societăţii informaţionale în cadrul realizării Strategiei Naţionale „Moldova electronică”. Astfel, CRIS ”Registru” a devenit deţinătorul resurselor de stat de bază, registrelor de stat al populaţiei, al unităţilor de drept şi sistemului naţional informaţional geografic.
Mai mult ca atît, întreprinderea este elaborator al sistemelor informaţionale automatizate de importanţă statală şi deţine dreptul exclusiv asupra elaborării şi perfectării documentelor de identificare şi înregistrare, precum şi asupra realizării comenzilor directe privind perfectarea bucletelor şi blanchetelor de strictă evidenţă.
La momentul actual, CRIS ”Registru” dispune de o reţea imensă de oficii teritoriale amplasate pe tot teritoriul Republicii Moldova. Prin intermediul celor 97 oficii, persoanele pot fi documentate, poate fi înregistrat mijlocul de transport şi confirmată calificarea conducătorului auto. Totodată, din informaţia colectată în rezultatul furnizării serviciilor în cadrul oficiilor teritoriale de documentare a populaţiei, de înregistrarea mijloacelor de transport şi calificarea conducătorilor auto, se formează registrele de stat, datele cărora se stochează şi se actualizează în mod centralizat.